حکیم مهدی الهی قمشه ای در مسیر تلاشهای علمی به خواسته های متعالی و گرایشهای والا توجه داشت و بدین سبب حالاتی چون صداقت، وارستگی اخلاق و زهد در اخلاق و رفتارش متجلی بود و از طریق ارتباط با خدا، ذکر، عبادت و تهجد و تصفیه اعمال، این خصوصیات را در خویشتن تقویت می نمود.

در برابر اوامر الهی و تأکیدهای ائمه (ع) از امیال و خواسته های فردی صرف نظر می کرد و از دام خودخواهی رهایی یافت و در سروده ای زیبا چنین گفته است:

دریغا که در دام نامم هنوز                 اسیر خیالات خامم هنوز

ز بعد ریاضات و درس و سلوک           نشد توسن نفس رامم هنوز

تن سفله طبع از تمنای شهد              کند دم به دم تلخ کامم هنوز

دل من اگر خلوت خاص هوست           چرا در غم خاص و عامم هنوز...

استاد حسن زاده آملی که از پرورش یافتگان مکتب این عارف متشرّع بوده می گوید: متجاوز از ده سال با او حشر داشتم، یک کلمه حرف ناروا و یا یک جمله بیهوده از او نشنیدم. چه گریه ها و زاریها از او دیده ام و چه اندرزها از وی به یادگار دارم.

همسرش طیبه الهی ( تربتی) در ضمن خاطراتی گفته است: در خانه، در امور داخلی کمک می کردند، بسیار بشّاش و خوش صحبت بودند. اگر نصف روز متوالی تدریس می نمود، کسی اظهار خستگی نمی کرد. نیمه شب از خواب برمی خاست و پس از نوافل و نماز شب در صحن خانه قدم می زد و به سیارات و ستارگان آسمان چشم می دوخت و از شگفتی های جهان هستی لذّت می برد. ناملایمات را تحمل می نمود و می گفت: بلاهای این جهان همه از جانب حق است. بارها فقیری به در خانه می آمد که چیزی به او بدهیم، اثاثیه ای همچون ظروف مسی و مانند او به او می دادند و می گفتند برو بفروش و خرج کن. امر به معروف و نهی از منکر ایشان با ملایمت و از روی دلسوزی بود. روحی شجاع داشت و کینه کسی را در قلب خویش جای نداده بود.

بسیار قانع و با لباسی عادی و مسکنی ساده زندگی می کرد و چون بیمار می شد می گفت: داروی من هفت بار قرائت سوره حمد است. در زمستان ها در اتاق درسش که در منزل منعقد می گشت نه کرسی بود و نه بخاری؛ تنها یک چراغ لامپای گردسوز و فرشی فرسوده. و برخی شب ها که هوا بسیار سرد می شد منقل زیر کرسی اتاق دیگر را که عائله اش در آن بودند به اتاق درس می آورد و خاکستر رویش را کنار می زد و بدان حال می گذراند.

حکیم الهی قمشه ای به سبب کمالاتی که از طریق تزکیه و تهذیب، عبادت و اخلاص کسب کرده بود، لیاقت هم نوایی و نغمه سرایی با قدسیان را داشت و از کرامات و حالات فوق العاده هم بی بهره نبود.

بعد از اقامت ایشان در تهران و دوستی بسیار نزدیک و همکاری تنگاتنگ با شهید مدرس و پس از آنکه حکومت غاصب و رضاخانی مدرس را دستگیر و تبعید نمود، الهی قمشه ای هم روانه زندان گردید که به سفارش ذکاءالملک فروغی ( نخست وزیر وقت) به دلیل ارتباط علمی که با ایشان داشت آزاد شد. گویا زمانی وی را به فشار سیاسی یا تطمیع از سوی دستگاه منحوس پهلوی تهدید کرده بودند که در غزلی با این مطلع گفته بود:

من نه آن دیوانه عشقم که زنجیرم کنند

یا به جز در دام زلف یار، تسخیرم کنند

من نه آن مرغم که صیادان عالم بافسون

دانه افشانند و در دامی به تزویرم کنند

در سروده ای دیگر گویا به رضاخان ملعون طعن می زند و می گوید:

دین عزیز است و رجال دین شریف و بزرگ تف به آن ابله که قدر و شوکت دین کاستی

از کلاغ زشت خوی ژاژخای هرزه طبع *** چند در باغ طبیعت نعره و غوغاستی